La composición del GAP se estructura en base a:
Consejo director: es la representatividad de máximo nivel del entorno marítimo y el órgano de decisión
Secretaria técnica: para la coordinación administrativa del Consejo Director y coordinación técnica de las Comisiones de Trabajo.
Grupos o comisiones de trabajo: es donde se analizan los procesos y se define la funcionalidad de los servicios. Tienen un alcance funcional puntual, unos objetivos cuantificables, un horizonte temporal definido y la participación está abierta a cualquier operador interesado.
Con esta organización se logra un mecanismo de funcionamiento en el que el consejo marca las pautas, la secretaria coordina su desarrollo y las comisiones de trabajo realizan las tareas que el consejo estima convenientes, para que una vez finalizadas se desarrollen en e-puertobilbao.