Honela egituratuta dago GAP:
Kontseilu zuzendaria: itsas gaietan ordezkagaitasun handiena eta erabakitzeko gaitasuna duen organoa da.
Idazkaritza teknikoa: kontseilu zuzendariaren koordinazio administratiboa eta lan-batzordeen koordinazio teknikoa egiten ditu.
Lantaldeak edo lan-batzordeak: prozesuak aztertzen dituzte, eta zerbitzuen funtzionalitatea definitzen dute. Unean uneko funtzionalitatea dute, helburu kuantifikagarriak eta denbora-horizonte definitua, eta interesa duen edozein operadorek har dezake parte.
Antolaketa horren bidez, funtzionamendu-mekanismo hau ezartzen da: kontseiluak jarraibideak zehazten ditu, idazkaritzak horien garapena koordinatzen du, eta lan-batzordeek kontseiluak egoki iritzitako lanak egiten dituzte, ondoren, e-puertobilbao plataforman aplikatzeko.